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Comment des scientifiques sud-africains ont repéré la variante Omicron COVID

Le vendredi 19 novembre, Raquel Viana, responsable scientifique de l’un des plus grands laboratoires d’essais privés d’Afrique du Sud, a séquencé les gènes sur huit échantillons de coronavirus – et a eu le choc de sa vie.

Les échantillons, testés dans le laboratoire Lancet, portaient tous un grand nombre de mutations, notamment sur la protéine de pointe que le virus utilise pour pénétrer dans les cellules humaines.

“J’ai été assez choquée par ce que je voyais. Je me suis demandé si quelque chose s’était mal passé dans le processus”, a-t-elle déclaré à Reuters, une pensée qui a rapidement cédé la place à “un sentiment sombre que les échantillons allaient avoir d’énormes ramifications”.

Elle a rapidement décroché le téléphone de son collègue de l’Institut national des maladies transmissibles (NICD) de Johannesburg, le séquenceur de gènes Daniel Amoako.

“Je ne savais pas trop comment leur expliquer”, se souvient-elle. Elle a dit à Amoako: “Pour moi, cela ressemble à une nouvelle lignée.”

La découverte de la variante Omicron en Afrique australe a provoqué une alarme mondiale, les pays limitant les voyages depuis la région et imposant d’autres restrictions de peur qu’il ne se propage rapidement même dans les populations vaccinées.

Amoako et l’équipe du NICD ont passé le week-end du 20 au 21 novembre à tester les huit échantillons que Viana leur a envoyés, qui avaient tous les mêmes mutations, a-t-il déclaré mardi à Reuters.

C’était tellement bizarre qu’Amoako, sa collègue Josie Everatt et d’autres collègues pensaient également que ce devait être une erreur. Puis ils se sont souvenus qu’au cours de la semaine, ils avaient remarqué une forte augmentation des cas de COVID-19, du genre qui pourrait indiquer un nouveau mutant.

En outre, Viana avait été alertée d’une bizarrerie dans l’échantillon plus tôt ce mois-ci par un collègue – un abandon du gène S, l’une des mutations qui distingue désormais la nouvelle variante Omicron du coronavirus de la Delta dominante à l’échelle mondiale.

La seule variante commune avec cette fonctionnalité était Alpha, “et nous n’avions pas vu Alpha (en Afrique du Sud) depuis août”, se souvient Everatt pensant alors qu’ils testaient les échantillons.

Le mardi 23 novembre, après en avoir testé 32 autres en provenance des environs de Johannesburg et de Pretoria, “c’était clair”, a déclaré Amoako.

“C’était effrayant.”

Des questions brûlantes

Le même mardi, l’équipe du NICD a informé le ministère de la Santé et d’autres laboratoires d’Afrique du Sud faisant du séquençage, qui a ensuite commencé à produire des résultats similaires.

Le même jour, le NICD a saisi les données dans la base de données scientifique mondiale GISAID et a découvert que le Botswana et Hong Kong avaient également signalé des cas avec la même séquence génétique.

Le 24 novembre, les responsables du NICD et le département ont informé l’Organisation mondiale de la santé.

À ce stade, a déclaré Viana, plus des deux tiers des tests positifs à Gauteng, la province sud-africaine qui comprend Pretoria et Johannesburg, montraient l’abandon du gène S – un signe qu’Omicron devenait déjà dominant.

Grâce à Omicron, le taux d’infection quotidien au COVID-19 en Afrique du Sud devrait quadrupler pour atteindre plus de 10 000 d’ici la fin de cette semaine, a déclaré lundi l’un des principaux spécialistes des maladies infectieuses du pays, Salim Abdool Karim.

Les questions importantes – dans quelle mesure la nouvelle variante est-elle efficace pour échapper à l’immunité contre les vaccins ou les maladies passées, quelle est la gravité des symptômes par rapport aux versions précédentes et en quoi cela différera-t-elle selon les groupes d’âge – restent à résoudre.

Trois scientifiques interrogés par Reuters qui travaillent sur ces questions attendent des réponses dans environ 3 à 4 semaines.

En attendant, le président sud-africain Cyril Ramaphosa envisage d’introduire la vaccination obligatoire dans certains contextes, le pays étant encore sous le choc de 3 millions d’infections au COVID-19 au total pendant la pandémie et de plus de 89 000 décès.

Il y a beaucoup de colère en Afrique du Sud contre les interdictions de voyager à l’étranger – certaines dirigées contre les scientifiques. Amoako reçoit des messages de colère disant qu’ils devraient simplement “arrêter de chercher” de nouvelles variantes.

Wolfgang Preiser, virologue à l’Université de Stellenbosch travaillant sur COVID-19, qui a également reçu des courriers haineux, craint que d’autres pays ne prennent toute cette saga comme une leçon pour ne pas être aussi transparent.

“Cela pourrait encourager d’autres pays à cacher des choses, ou plutôt à ne pas regarder”, a-t-il déclaré.

“C’est la peur. Regarder est tout un investissement, alors peut-être qu’ils concluront, ‘ne nous embêtons pas’.”

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